Если на компе с линуксом установлен обычный firefox без доп. плагинов (например в дефолтной установке ubuntu), настроен tor в режиме прозрачного прокси, то для доступа к onion доменам необходимо указывать в конце url точку, например:
https://3g2upl4pq6kufc4m.onion - такое не пройдет (напишет, что сайт недоступен и необходимо проверить сетевое подключение)
https://3g2upl4pq6kufc4m.onion. - с точкой в конце адреса сайт загрузится.
Если поставить другой браузер, то все работает как и ожидается.
Если прочитать статью https://habrahabr.ru/post/173045/ , то получается, что firefox, видимо, воспринимает такой домен как относительный.
Сообщение в багзилле: https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1394756